Las condiciones climáticas han variado a lo largo del tiempo. El período Quaternario, y dentro de este el Holoceno, no son una excepción. Desde el Laboratorio de Geoarqueología se trabaja en la reconstrucción de las variaciones ambientales acaecidas particularmente durante el Holoceno. Las reconstrucciones paleoambientales realizadas hasta la fecha se basan en registros morfosedimentarios, dataciones absolutas y relativas, niveles cineríticos, suelos y paleosuelos, y fitolitos de la región de valles Calchaquíes. El Laboratorio también colabora en el desarrollo de estos temas con metodología similar en la depresión del Ebro.